Sekä Perämereen johdettavan jäteveden että jätevedenpuhdistamolle johdettavan jäteveden laatua tutkitaan päivittäin Oulun Veden omassa käyttötarkkailulaboratoriossa. Käyttölaboratorio on sijainnut vuoden 2007 alusta lähtien Hintan vesilaitoksella Erkintiellä. Käyttölaboratoriossa tehtiin vuonna 2006 yhteensä noin 3 200 määritystä.

Pohjois-Pohjanmaan ympäristökeskus valvoo viranomaisena Perämereen johdettavan jäteveden laatua. Puhdistamolla on käytössään Pohjois-Pohjanmaan ympäristökeskuksen hyväksymä laaduntarkkailuohjelma. Velvoitetarkkailu teetetään nykyisin ulkopuolisessa laboratoriossa. Velvoitetarkkailutulokset ja käyttötarkkailutulokset sekä muut käyttötiedot raportoidaan valvovalle viranomaiselle neljännesvuosittain.